區域醫院管理系統主要包括：醫生工作站、門診管理系統、住院管理系統、藥房管理系統、藥庫管理系統、財務管理系統、農合管理系統、未執行項目管理等。

醫生工作站：此模塊醫生提交處方為未結算處方，待收款室結算后沖減庫存，未結算處方可從未結算管理中刪除重開。

門診管理系統：此模塊供沒有啟用醫生工作站模塊的醫院進行處方使用。收款員提交處方，可直接結算，未結算處方可從未結算管理員中刪除重開或修改明細后重新提交。

住院管理系統：此模塊為住院病人辦理入院登記，完畢后可進行交押金等操作。

藥房管理系統：此模塊調取的藥品信息是藥品字典信息，藥品按散裝單位入庫。

藥庫管理系統：此模塊在藥庫采購錄入的時候可以選擇調取歷史入庫信息，同樣的藥品會彈出詳細信息。

財務管理系統：此模塊里門診財務結賬是對未結賬的財務統計進行結賬。

農合管理系統：此模塊是參合人員處方結算以后，在此進行報銷。

         未執行項目管理：單擊當日未執行項目可以查詢到當日需要執行的項目。也可以通過選定時間段查詢，同時也可以通過就診號、患者姓名進行精確查找。